Fråga:
Vad är skillnaden mellan ENCODE Tier 1, 2 och 3 celltyper?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

ENCODE Experiment Matrix på UCSC listar de olika tillgängliga celltyperna under kategorierna "Tier 1", "Tier 2" och "Tier 3". Vad är skillnaden mellan dessa klassificeringar?

Vad gör till exempel GM12878 till en Tier 1-celltyp och A549 till en Tier 2-celltyp?

enter image description here

Du bör läsa [En användarhandbok till Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Två svar:
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nivåerna anger den ursprungliga prioriteten för sekvensering och bearbetning av proverna. Detta är förståeligt med tanke på antalet märken och experimenttyper som ENCODE försökte ordna. Mer information finns på ENCODEs webbplats.

Redigera : Bara för att expandera lite, skulle tier en-celler behandlas först. Sedan kom nivå 2 på andra plats. Naturligtvis hade nivå 2 MYCKET fler celler, så det delades upp i 2 och 2,5, eftersom det redan fanns uppenbarligen nivå 3-celler.

emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Från Encodes webbplats:

... För att hjälpa till med integrering och jämförelse av data som produceras med olika tekniker och plattformar har ENCODE Consortium utsett celltyper som kommer att användas av alla utredare. Dessa vanliga celltyper inkluderar både cellinjer och primära celltyper, och man planerar för att utforska användningen av primära vävnader och embryonala stamceller.

Celltyper valdes till stor del av praktiska skäl, inklusive deras breda tillgänglighet, förmågan att enkelt odla dem och deras förmåga att producera tillräckligt antal celler för användning i all teknik som används av ENCODE-utredare. Sekundära överväganden var mångfalden i cellernas vävnadskälla, könsskiktslinjerepresentation, tillgängligheten av befintlig data genererad med hjälp av celltypen och samordning med andra pågående projekt. Ansträngningar gjordes också för att välja åtminstone vissa celltyper som har en relativt normal karyotyp ...



Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...