Jag försöker förstå PCR-dubbletter i NGS-analyser (faktiskt helgenom). Jag sökte och det bästa svaret jag hittade finns i den här bloggen.
Men jag förstår inte om jag förstod hur PCR-dubbletter uppstår korrekt eftersom jag inte kan se problemet med att ha dem i nedströmsanalysen - bortsett från beräkningsproblem, dvs onödig redundans.
Om jag förstod rätt uppstår PCR-duplikat under biblioteksförberedelser när PCR förstärker fragmenten med adaptrar. I det här fallet, om du har dubbletter av fragment, kommer du att förstärka några av dem två gånger eller mer.
Men när du gör kartläggningen bör de falla på samma region, troligen minska kartläggningens kvalitet (eftersom de ökar samförståndet om en specifik sekvens, som kunde ha varit föremål för sekvenseringsfel). Men bortsett från det borde du ha samma kartläggning med avseende på kartläggningen där dubbletter tas bort, men med minskad kvalitet.
Är kvalitetsproblemet den verkliga anledningen till att ta bort PCR-dubbletter eller finns det något som jag saknas?