Fråga:
KEGG FTP vs KEGG API
llrs
2018-06-01 16:17:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag läste KEGG grund och fann att det inte förbjuder att använda KEGG API. Vad finns det då i FTP-servern licens för personligt bruk / akademiskt bruk som inte omfattas av API: et?

Eller kan jag ladda ner hela databasen via API: et?

PS: Jag kunde inte hitta hur man laddar ner vilka gener som finns i vilka vägar men det kan hända att jag inte spenderade tillräckligt med tid med frågorna.

Tre svar:
llrs
2018-06-13 13:25:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag hittade sättet att ladda ner generna och vägarna tack vare det här svaret med KEGGREST.

Det verkar som att API gör det möjligt att ladda ner databasen helt eftersom den gör det möjligt att ladda ner information, lista, hitta, hämta, konvertera, länka, ddi.

I meddelandet från 2011-05-21 nämns det faktiskt att API: n innehåller fler alternativ för att ladda ner KGML-filer som tidigare endast var möjligt att få via FTP-webbplatsen.

EagleEye
2018-06-14 19:01:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Om du vill få vägar och motsvarande gener som enkelt tabellformat i en vanlig textfil, använd GeneSCF modulen 'Prepar_database'. Detta kan vara en enkel lösning.

FTP vs API :

Skillnaderna jag ser är,

  • snabb åtkomst till det uppdaterade innehållet via FTP. Med det antar jag att du använder FTP-version att du kommer att ha tillgång till databasuppdateringar varje vecka. Massnedladdning är också möjlig och bekvämare via FTP-prenumeration.

  • Men KEGG REST API uppdateras en gång i månaden eller två månader eller ett år (inte ett nyligen uppdaterat innehåll).

Tack för ditt svar och välkommen till webbplatsen! Det är den typen av information jag använder men inte vad jag frågade om. Men GeneSCF förutsätter att den kan komma åt ** hela ** KEGG-databasen via API. Kan du bekräfta det?
Den använder KEGG REST (https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html) för att endast komma åt data för specificerad organism. Det lagrar eller resterar aldrig hela KEGG-databasen. Kolla in [GeneSCF-publikationen] (https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1250-z) för fullständig information om arbetsflödet.
Jag har läst de relevanta delarna av det och det svarade inte på min fråga.
Ledsen om det inte svarade på din fråga. Jag trodde att jag svarade "** PS: Jag kunde inte hitta hur man laddar ner vilka gener som finns i vilka vägar men det kan hända att jag inte spenderade tillräckligt med tid med frågorna. **" den här delen. Lycka till.
Åh, det har redan besvarats i det andra svaret. Tack och min ursäkt
Så, API-data uppdateras inte samtidigt som FTP-filerna. Det är intressant: Finns det någon skriftlig dokumentation om detta för att läsa mer om det?
Du klickar på de länkar som jag tillhandahöll. Du får en uppfattning om vad jag nämnde. Det finns inget direkt uttalande, men om du jämför de två sidorna är det informationen jag får.
Jag måste missa poängen, jag kan bara bekräfta den uppdaterade KEGG FTP varje vecka (på tisdag JST), inte uppdateringsfrekvensen för KEGG REST API-data. Hur som helst, tack för ditt tålamod (jag stör dig inte mer).
ddomingo
2018-06-21 23:35:12 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Vi implementerade Bio2BEL KEGG -paketet för att ladda ner KEGG-databasen via RESTful API

Välkommen till webbplatsen Daniel. Tack för att du delar med dig! Jag läste ComPath-artikeln just nu. Men jag frågade inte om det är möjligt att ladda ner data, utan om det är möjligt att ladda ner * all * databasen via API, vilket tydligen är möjligt.


ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 4.0-licensen som det distribueras under.
Loading...