Fråga:
Hur bestämmer man ett proteins cellulära plats baserat på dess sekvens?
Cleb
2017-11-16 02:31:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag undrar om lämpligt arbetsflöde för att bestämma ett proteins cellulära plats baserat på dess sekvens.

Låt oss säga att jag har en sådan sekvens från en fasta-fil

   

Jag kan mata den till NCBIs blastp som sedan ger mig en lista med gener. Jag kan kontrollera t.ex. första posten som också ger en länk till SwissProt. Där ser jag äntligen att detta protein ligger i kärnan och också i cytosolen.

Mina frågor är:

1) Finns det ett enklare sätt att uppnå denna information?

2) Låt oss säga att någon antecknade detta protein för att vara ett mitokondriellt. Hur kunde jag kontrollera det dvs (dis) bevisa det?

Någon uppdatering angående detta?
Två svar:
llrs
2017-11-16 14:46:17 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Du kan använda Blast2go för att hitta de förutsagda relevanta genontologierna för dina sekvenser. Om du letar efter den subfysiologiska cellfacket bör du hitta platsen för sådant protein. Jag har aldrig använt det här verktyget, men här är papperet som beskriver hur det fungerar.

Jag skulle inte begränsa mig till den första förutspådda matchen av blastp se om några fler gener med en bra passform finns också på samma platser. Men annars verkar ditt arbetsflöde vara rätt för mig.

Men för att bevisa att detta är i X eller Y bör du, eller ditt team eller dina medarbetare, alltid kontrollera med histokemi om det verkligen tilldelas på den förutsagda platsen. Alla programvara förutsägelser måste valideras med några biologiska experiment för att bevisa dem.

Tack för förslaget, jag kommer att prova när jag har fått tid.
-1
Joe Healey
2017-11-17 00:32:13 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Du kan köra sekvensen genom verktyg som SignalP för att leta efter cellyttersignaler och så vidare, vilket ger dig en aning om var jag är bunden till.

Inget av dessa verktyg ger dig en absolut definitivt svar, ofta för att vi helt enkelt inte har experimentdata.

Tack, var inte medveten om detta verktyg, kommer att prova.


Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...