Fråga:
Hur tar jag bort alla BAM-läsgrupper från alla läsningar (inte bara rubriken)?
EB2127
2017-12-23 17:43:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag har problem med en av mina BAM: er --- det verkar ha ogiltiga läsgrupper.

Normalt när jag har ett sådant problem tar jag bort alla läsgrupper från BAM-rubriken enligt följande:

  samtools view -H your.bam | grep -v "^ @ RG" | samtools repetition - original.bam > new.bam  

och sedan skulle jag köra AddOrReplaceReadGroups från Picard:

http: / /broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#AddOrReplaceReadGroups

Jag har provat detta, och det måste fortfarande läsas med en läsgrupp i de valfria taggarna RG: Z: .

Hur tar jag definitivt bort alla läsgrupper från en BAM, inklusive alla läsningar?

Ett svar:
Devon Ryan
2017-12-23 20:00:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Du kan behöva ta bort de extra taggarna manuellt:

  samtools view -h your.bam | grep -v "^ @ RG" | sed "s / \ tRG: Z: [^ \ t] * //" | samtools view -bo your_fixed.bam -  

Bit sed söker efter aux-taggen och tar bort allt upp till nästa flik.



Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...