Fråga:
kontrollerar kontroller av spik-in-sekvenser
719016
2017-08-31 12:41:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag skulle vilja veta vad verifierar folk när de utformar / använder spike-in-kontroller, som ska användas i sekvenseringsexperiment (främst Illumina). Hittills har jag kommit med den här listan:

  • Anpassar den bara till ett visst genom-syntetisk referens?
  • Innehåller den G-fyrdubblaxar? T.ex. QGRS Mapper
  • Innehåller det kända Illumina-felmotiv? (Har det någon betydelse längre för de senaste plattformarna / kemierna?) Se den här artikeln
  • Innehåller det andra motiv som är kända för att vara polymerashämmare? Ref

Något annat?

Ett svar:
SmallChess
2017-09-04 11:04:41 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ansvarsfriskrivning : Jag är utvecklare av http://www.sequin.xyz.

Sequin är en ny uppsättning spiked- i kontroller för nästa generations sekvensering, och det inkluderar Illumina. Vi utformar kontroller för RNA-Seq, genomsekvensering, metagenomik etc.

Läs våra papper om du vill ha mer information.

  • Referensstandarder för nästa generations sekvensering av Hardwick bör vara en bra start.

Här är min lista:

  1. Uppmätta räknas mot ingångskoncentration. Pearsons korrelation, spearman-korrelation och regressionslutning.
  2. PCA-analys
  3. Huruvida den syntetiska är inriktad på den syntetiska referensen
  4. Spikad mängd (t.ex. spädning) li>
  5. Diagnostikstatistik
  6. ROC-kurva
  7. Detektionsgräns

(1) är viktigt eftersom kontrollerna ska ge dig korrelation = 1 och lutning = 1 i ett perfekt felfritt experiment. Detta är ett exempel på utdata (du kan läsa mer om det i våra tidningar):

enter image description here

(2) Detta är vårt exempel på PCA ( vårt papper har detaljerna)

enter image description here

(3) är också viktigt men du kan bara göra det i simuleringar.

(5)

enter image description here

(6)

enter image description here

(7)

enter image description here

Tillåter Anaquin / Sequin design av nya spike-in-kontroller som inte anpassas till en uppsättning referenser?
@719016 Sequins antar att de spetsade inläsningarna är inriktade på en syntetisk referens.
Tillåter det design av nya spikar med en ny syntetisk referens?
Kontrollerar den om uppsättningen syntetisk referens är unik mot andra genomer och unik mot sig själv?


ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...