Det är egentligen inte en bam-fil som John Marshall tänkte på. Jag behåller resten av mitt svar eftersom det kan vara användbart för någon annan, men problemet här var att du hade en komprimerad (bgzipped) samfil och inte en egentlig bam-fil och det var därför du fick det felet. När jag sorterade din fil som förberedelse för att indexera den konverterade jag till en bam varför resten av mitt svar fungerade.

Du har inte indexfilen för bam-filen du ' använder igen. Jag använde det här skriptet på filen du länkade till (ändra namnet så att det motsvarar rätt fil och en kontig i den filen):

  #! / Usr / bin / env python3import pysamsamfile = pysam.AlignmentFile ("3_Tce_1_mapped.bam", "rb") för läsning i samfile.fetch ('3_Tce_b3v08_scaf005149'): skriv ut (läs) samfile.close ()  

Katalogen I körde den in hade:

  $ ls 3 * 3_Tce_1_mapped.bam  

Och jag fick det fel du beskrev:

  $ foo.pyTraceback (senaste samtalet senast): Fil "/home/terdon/scripts/foo.py", rad 5, i <module> för läsning i samfile.fetch ('3_Tce_b3v08_scaf005149'): Fil "pysam / lib ", rad 1107, i pysam.libcalignmentfile.AlignmentFile.fetchValueError: hämtning efter region är inte tillgänglig för SAM-filer  

Men indexering av bam-filen fixade den:

   $ samtools sort 3_Tce_1_mapped.bam > 3_Tce_1_m apped.sorted.bam $  mv 3_Tce_1_mapped.sorted.bam 3_Tce_1_mapped.bam  $ samtools index 3_Tce_1_mapped.bam $  ls 3 * 3_Tce_1_mapped.bam 3_Tce_1_mapped.b. bai $ foo.py | wc227 2724 16725  

Så bara sortera och indexera dina filer innan du försöker söka i dem. Vilket är vettigt eftersom indexets uppgift främst är att tillåta sökning.

Din 3_Tms_1_mapped.bam -fil, trots dess filnamnstillägg, är faktiskt en bgzipped SAM -fil. Du kan verifiera detta med htsfile , som är ett litet verktyg som är förpackat med HTSlib:

  $ htsfile 3_Tms_1_mapped.bam 3_Tms_1_mapped.bam: SAM version 1.3 BGZF-komprimerad sekvensdata  

(För filer som verkligen är i BAM-format rapporterar den BAM version 1 komprimerad sekvensdata .)

Så felmeddelandet är korrekt i detta fall.