Fråga:
Importerar GFF-fil med Biopython
Alex Summers
2018-12-10 08:19:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Finns det ett sätt att importera en GFF-fil för en organism med Biopython på samma sätt som du kan för en Genbank-fil?

Till exempel, 

  från Bio importera Entrez som ezez.email = '...' handtag = ez.efetch (db = 'gen', id = 'AE015451.2', rettype = 'genbank', retmode = 'xml') h = handle.read ( ) skriv ut (h)

Detta importerar en Gebank xml-fil för Pseudomonas putida. Finns det ett sätt att göra detta för en GFF-fil?

Tre svar:
conchoecia
2018-12-10 08:57:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nej, det finns för närvarande inget GFF-stöd i biopython.

Du kan dock läsa in GFF-filer i python med detta paket, gffutils. Det finns också några andra paket för att läsa / skriva GFF-filer, till exempel gff3 .

Joe Healey
2018-12-12 01:53:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag skulle använda BCBio för gff-hantering eftersom det är skrivet för att direkt gränssnitt med BioPythons objektmodell.

Den enda nackdelen är att jag tror att den inte längre stöds aktivt. Det är dock paketet som BioPython docs brukar använda. Det finns dock planer på att införliva GFF / GTF-analysatorer till BP inom en inte alltför avlägsen framtid enligt den länken.

Daniel Standage
2018-12-13 20:35:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De flesta GFF-analysatorer hanterar arbetet med att läsa anteckningsdata i objekt för bekväm dataåtkomst, men de flesta hanterar inte den viktiga uppgiften att lösa relationer mellan funktioner. taggen Python-biblioteket gör båda, grupperar relaterade funktioner för inspektion, genomgång och bearbetning av funktioner efter funktion.

CAVEAT : Taggbiblioteket stöder bara GFF3.

FRISKRIVNING : Jag är utvecklaren av taggbiblioteket, så det här är en skamlös plugg. :-)



ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 4.0-licensen som det distribueras under.
Loading...