Jag har ihopkopplat slut-ChIP-seq-data med 101 bp och 2 biologiska replikat för var och en. Jag har gjort toppsamtal med macs2 men jag har några frågor om det.
Jag fick också en varning:
VARNING @ Tor, 7 juni 2018 17:06: 05: # 2 Eftersom d (197) beräknat från parade toppar är mindre än 2 * tagglängd kan det påverkas av okänt sekvenseringsproblem!
VARNING @ Thu, 07 Jun 2018 17:06:05: # 2 Du kan behöva överväga ett av de andra alternativen d: 197
VARNING @ Tor, 7 juni 2018 17:06:05: # 2 Du kan starta om processen med --nomodel --exize XXX med ditt val eller ett godtyckligt nummer. Ändå kommer MACS att fortsätta datorer.
-
Jag har lagt till
--nomodel --extsize 197; --nomodel --extsize 147 och --nomodel --extsize 202
(separat till kommandot macs2) och fick resultaten utan någon varning? Vilken är mer korrekt? -
Förlängs breda toppar av smala toppar? Om jag använder skärningspunkten mellan dem kan jag förvänta mig att hitta 100% överlappning mellan smala toppar och breda toppar?
-
Vilken typ av topp (smal / bred) passar för H3k27ac, H3k4me1, H3k4me3, H3k27me3 study?
-
Om det inte finns någon kontrollgrupp för att använda som bakgrund, kan jag använda standardparametrar?