Fråga:
Macs2 toppsamtal?
star
2018-06-07 21:33:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag har ihopkopplat slut-ChIP-seq-data med 101 bp och 2 biologiska replikat för var och en. Jag har gjort toppsamtal med macs2 men jag har några frågor om det.

Jag fick också en varning:

VARNING @ Tor, 7 juni 2018 17:06: 05: # 2 Eftersom d (197) beräknat från parade toppar är mindre än 2 * tagglängd kan det påverkas av okänt sekvenseringsproblem!
VARNING @ Thu, 07 Jun 2018 17:06:05: # 2 Du kan behöva överväga ett av de andra alternativen d: 197
VARNING @ Tor, 7 juni 2018 17:06:05: # 2 Du kan starta om processen med --nomodel --exize XXX med ditt val eller ett godtyckligt nummer. Ändå kommer MACS att fortsätta datorer.

  1. Jag har lagt till --nomodel --extsize 197; --nomodel --extsize 147 och --nomodel --extsize 202 (separat till kommandot macs2) och fick resultaten utan någon varning? Vilken är mer korrekt?

  2. Förlängs breda toppar av smala toppar? Om jag använder skärningspunkten mellan dem kan jag förvänta mig att hitta 100% överlappning mellan smala toppar och breda toppar?

  3. Vilken typ av topp (smal / bred) passar för H3k27ac, H3k4me1, H3k4me3, H3k27me3 study?

  4. Om det inte finns någon kontrollgrupp för att använda som bakgrund, kan jag använda standardparametrar?

tvärinlägg: https://www.biostars.org/p/319418/
Ett svar:
Devon Ryan
2018-06-07 23:52:03 UTC
view on stackexchange narkive permalink
  1. Ditt ursprungliga kommando utan --nomodel --extsize ... är förmodligen det mest exakta. Den här varningen härrör från en tid då läsningar var mycket mycket kortare och troligen aldrig gjorde så mycket meningsfullt till att börja med.
  2. Brett toppsamtal i MACS2 fungerar i grunden genom att hitta en massa nära smala toppar och slå samman dem. Om du har riktigt breda signaler använder du något som histoneHMM istället.
  3. H3K27ac, H3K4me1 och H3K4me3 är smala. H3K27me3 är bred.
  4. Ja, men du måste spendera lite mer tid med data för att säkerställa att topparna är rimliga (du måste justera parametrarna om inte).
Lägg till Devon Ryans svar, se [den här bilden] (https://i.stack.imgur.com/olCjj.png) från [ENCODE] (https://www.encodeproject.org/chip-seq/histone/) .


ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 4.0-licensen som det distribueras under.
Loading...