Fråga:
Hur kan jag räkna ut gramfärgningsinformation från artens namn?
Arijit Panda
2017-08-31 17:30:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jag har en mycket lång lista med prokaryota organismnamn. Jag skulle vilja veta deras gramfärgning (grampositiv eller gramnegativ) information.

Vänligen meddela mig om det finns någon databas som lagrar denna information.

Jag försöker också hitta ett program som bara kan hitta gramfärgningsinformation via organismens namn eftersom min organismlista är lång.

Redigera: för varje art finns även NCBI: s taxonomi härkomst

Du har bara deras namn, eller har du också deras genom?
Jag har bara deras namn, jag kan hitta deras taxonomi härstamning med hjälp av NCBI taxonomi databas om det hjälper mig att hitta gram färgning.
Ett svar:
mgalardini
2017-08-31 18:23:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

GOLD-databasen kan användas för att hämta en lista över artnamn enligt deras Gramfärgning: gå till sidan " Avancerad sökning" och välj antingen "gram - "eller" gram + "under" Organism Fields "->" Gram Stain ". Klicka sedan på resultatsidan på numret under "Organismer". På resultatsidan kan du välja att ha 1000 resultat per sida, vilket innebär att du skulle behöva göra lite manuellt arbete.

Jag bör tillägga att så vitt jag vet är denna information baserad på vad folk skickar in när de registrerar sina genomprojekt, så jag förväntar mig inte att den här listan är kuraterad eller 100% korrekt.

Om du har tillgång till arvsmassan för den art du är intresserad av (du kan ladda ner en representativ stam för varje art som använder ncbi-genom-nedladdning), kan du använda traitar, som kan förutsäga gramfärgningen, bland andra intressanta breda fenotyper.

Tack för hjälpen. Jag funderade på att ladda ner GOLD-databasdata och använda ett program för att hitta min nödvändiga information. Men jag kan inte ladda ner data. Så kan du snälla hjälpa mig att göra det.
Finns det något sätt att fråga GOLD-databasen programmatiskt?
Nej, deras användningspolicy är faktiskt ganska strikt: "Nedladdning av GOLD-metadata på något sätt inklusive webbsökningar, nedladdningsbara rapporter, skärmskrapning etc. är strängt förbjudet utan föregående tillstånd, om syftet är att dissekera, ändra och lagra GULDET data i en databas (relation eller text) och distribueras till tredje part / allmänheten / medarbetare. "


ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...