Fråga:
Konvertera Ensembl Gen-ID till Entrez Gen-ID genom biomart
floatingpurr
2017-09-06 15:54:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Tja, jag försöker konvertera en lista över mänskligt gen som Ensembl Gen-ID refererar till Entrez Gen-ID. Jag har fått råd att använda biomart.

Jag försökte få ett slags omvandlingstabell för alla mänskliga gener. Jag vet inte om mina inställningar är felaktiga, men jag hittade ingen kryssruta för Entrez Gen-ID i avsnittet Attribut > Externa referenser . Jag har just hittat ID för Entrez-transkriptionsnamn (se nedan), men det är inte vad jag behöver.

enter image description here

Hur kan jag använda biomart för en sådan konvertering?

Redigera:

Enligt denna videohandledning EntrezGene ID bör vara ett alternativ i biomart (se skärmdump nedan).

Denna videohandledning är föråldrad.

Handledningen är 8 år gammal.
Ja, @Emily_Ensembl. Jag är ledsen, jag hade fått det från en gammal dokumentationssida:)
Två svar:
Ian Sudbery
2017-09-06 16:22:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Det ID du behöver är NCBI-gen-ID, vilket är detsamma som EntrezGene-ID.

Tack Ian, det verkar fungera. Hur som helst, det finns ingen en-till-en-matchning (dvs. vissa Ensembl-ID har ingen NCBI-motsvarighet). Är det normalt?
Ja. Se mitt svar på din andra fråga. https://bioinformatics.stackexchange.com/a/2474/235
Peter
2018-01-18 22:01:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Konvertering med R:

  bibliotek (biomaRt) mart <- useDataset ("hsapiens_gene_ensembl", useMart ("ensembl")) gener <- getBM (filter = "ensembl_gene_id", attribut = c ("ensembl_gene_id", "entrezgene"), värden = ensembl.genes, mart = mart)

Där ensembl.genes är en vektor av Ensembl-gen-ID.



ⓘ
Denna fråga och svar översattes automatiskt från det engelska språket.Det ursprungliga innehållet finns tillgängligt på stackexchange, vilket vi tackar för cc by-sa 3.0-licensen som det distribueras under.
Loading...