Är dubblett en uppsättning celler sekvenserade som en enda cell?

Ja. Beroende på metoden för enstaka cellsekvensering kan det vara mer eller mindre troligt att grupper av celler fångas och streckkodas med samma "unika" streckkod. Detta är mer troligt i split-pool RNA-sekvensering (t.ex. SPLiT-seq), och mindre troligt i cell-capture-RNA-sekvensering (t.ex. Fluidigm C1). Dubletter kan också skapas genom fysiska / experimentella processer (t.ex. från vävnader som inte helt dissocierades).

Tänk på att detektering av dubletter inte är så enkelt som att räkna för fördubbling av transkriptionsuttryck, eftersom uttrycket profilerar är olika i olika celler. Det är därför som encellssekvensering är användbart i första hand.

"Doublet" används ofta för att beskriva en droppe i droppbaserad sekvensering som har fångat minst 2 celler. 10x anger att deras dubblett är 0,8% per 1000 celler:

Det finns en avvägning mellan riktade cellupptagning och dublettfrekvens och laboratorieprotokoll är vanligtvis optimerade för en viss förväntad dublettfrekvens.

Man kan förvänta sig att se nästan en fördubbling av transkriptioner, men det är inte trivialt att härleda detta beräkningsmässigt.